Criado no fim do século XIX, o museu reúne o expressivo acervo de mais de 20 mil amostras de minerais da Escola de Minas, uma das mais antigas escolas de engenharia do Brasil.

O Museu registra parte importante do desenvolvimento científico nacional apresentando as mais completas coleções em seus setores de Mineralogia, História Natural, Mineração, Metalurgia, Química, Física, Astronomia, Topografia, Desenho e Biblioteca de Obras Raras. 

O edifício onde hoje está o Museu desempenhou diferentes funções ao longo dos séculos. Desde sua construção, em meados de 1750, serviu como Casa de Fundição, Contadoria e Junta da Fazenda, Casa do Corpo da Guarda, Secretaria do Governo e Imprensa Oficial.

No entanto, sua principal função foi como Palácio dos Governadores, tanto que, como moradia oficial, abrigou mais de 100 chefes de governo. Até mesmo Dom Pedro I e Dom Pedro II estiveram hospedados nessa mesma edificação por duas ocasiões.

Fechado temporariamente