Sabe-se que a capela é dedicada a três invocações: São Miguel e Almas, Sagrados Corações e Bom Jesus de Matozinhos. A igreja, construída entre 1771 e 1793, em função das características arquitetônicas da fachada, se assemelha mais às construções religiosas da primeira metade do século XVII.

Na parte exterior, o grande destaque fica por conta da portada, a imagem muito bem talhada de São Miguel Arcanjo. Essa escultura como um todo é atribuída a Aleijadinho, embora faltem fontes que comprovem a autoria. Na parte interior, as duas pinturas do Mestre Ataíde nos corredores laterais são o que de mais bonito há na decoração.

A Igreja Bom Jesus de Matosinhos e São Miguel e Almas está fechada, aguardando reforma.

Atualmente a Igreja se encontra fechada para restauração.