A Irmandade de Nossa Senhora das Mercês e Misericórdia, conhecida também como "Mercês de cima", foi instituída em Vila Rica entre os anos de 1740 e 1754 e, durante duas décadas, funcionou primeiramente na Capela de São José.

A construção de um templo próprio, no mesmo local onde se encontra até hoje, ocorreu a partir de 1772. De acordo com documentação da época, em princípio do século XIX parte da construção ameaçava ruir, o que obrigou que certas modificações fossem feitas no projeto original. Foi por causa disso que a igreja passou a contar com apenas uma torre principal.

Em termos arquitetônicos, a igreja lembra mais as construções da primeira metade do século XVIII, em função do seu traçado rígido e da divisão em dois blocos quadrangulares, compostos pela nave e pela capela-mor. Em termos de ornamentação, cabe destacar o medalhão da portada, de 1810, cujas características remetem ao estilo de Aleijadinho.

A igreja abre somente aos sábados, a partir de 18h30, em função da missa.