A Ordem Terceira da Penitência de São Francisco de Assis, primeira ordem criada em Vila Rica, foi fundada em 9 de janeiro de 1746, na Capela de Bom Jesus dos Perdões (atual Mercês e Perdões) e agrupava os mais importantes membros da sociedade da época. Dez anos mais tarde já contava com muitos adeptos que, desde 1751, passaram a se reunir na matriz de Antônio Dias. 

Por volta de 1752 cogitou-se a construção do seu próprio templo, iniciada em 1765. Com risco de Antônio Francisco Lisboa, o Aleijadinho, atesta a evolução no emprego da curva e contracurva, que afeta, sobretudo a nave e a fachada,  introduzindo um tipo completamente novo na arquitetura, considerado a obra-prima da arte colonial brasileira. A construção do edifício estava praticamente concluída em 1771.