O local e o templo religioso em si guardam muita história. A começar pelo fato de que a capela primitiva aqui anteriormente encontrada, edificada em 1742, era dedicada a Bom Jesus dos Perdões. Foi na década de 1760 que a capela foi doada à Irmandade de Nossa Senhora das Mercês. Por causa disso, a denominação passou a ser “Nossa Senhora das Mercês e do Bom Jesus dos Perdões”, mais tarde abreviada para “Nossa Senhora das Mercês e Perdões” e, hoje, popularmente chamada de “Mercês de baixo”.
A capela, dedicada aos negros e mulatos nascidos no Brasil, precisou ser ampliada em virtude do número crescente de fiéis. O desenho da nova capela-mor, erguida a partir de 1775, ficou a cargo de Aleijadinho. É também de autoria do escultor duas imagens de santos encontradas no interior: a de São Pedro Nolasco e São Raimundo Nonato.
A Paróquia de Nossa Senhora da Conceição é quem administra o Museu do Aleijadinho. O acervo do museu é composto por peças encontradas no Santuário de Nossa Senhora da Conceição, na Igreja de São Francisco de Assis e na Igreja de Nossa Senhora das Mercês e Perdões. Um único ingresso dá acesso à Igreja de São Francisco de Assis e à Igreja de Nossa Senhora das Mercês e Perdões. O Santuário de Nossa Senhora da Conceição está sendo restaurado e, por isso, não há visitação.
Horário de visitação: Terça a Domingo de 08:30h ás 12h e 13:30 ás 16:45h
Horário das missas: Toda sexta-feira ás 19h