O acervo bibliográfico do Museu da Inconfidência, composto por aproximadamente 20 mil volumes, encontra-se disponível na Biblioteca Rui Mourão, localizada no Anexo III, Casa do Pilar. A biblioteca atende especialmente pesquisadores e estudantes universitários. 

Dentre as atividades desenvolvidas pelo setor, estão: catalogação, registro e indexação de novas aquisições; alimentação e revisão das estruturas e dos conteúdos da base de dados; disseminação das coleções do acervo bibliográfico por meio de atendimento ao público; pesquisas e levantamento bibliográfico; conservação e preservação do acervo; acesso a bases de dados para recuperação de informações e promoção de intercâmbio entre instituições afins.

O pesquisador tem acesso a livros, periódicos, obras de referências, publicações avulsas, monografias, dissertações e teses, além de materiais de outra natureza. Os títulos pertencem às diversas áreas do conhecimento, com ênfase em História de Minas, Museologia, Artes, Literatura e Religião. Dentre esses, estão mais de 1400 obras raras.

A atualização do acervo é feita anualmente por meio de doações e aquisições. Para a indicação dos títulos, colabora o corpo técnico da própria instituição.

As consultas são realizadas de terça a sexta, das 13h às 17h, mediante agendamento prévio pelo telefone, com no mínimo 24h de antecedência, para verificação da disponibilidade da publicação solicitada.