Abriga documentação proveniente dos séculos XVIII, XIX e XX, que integra vários fundos documentais. Os de origem cartorária, os relacionados ao Aleijadinho, à Inconfidência Mineira, manuscritos avulsos, códices manuscritos e impressos, dentre outros. No que diz respeito à documentação privada, há o arquivo familiar do primeiro Barão de Camargos, político proeminente do período imperial. Gravuras, fotografias e jornais do século XIX também fazem parte do acervo.

Toda a documentação possui riquíssimo conteúdo para estudos históricos e sociais. O setor recebe pesquisadores de todo o país e também do exterior. Inúmeras teses de mestrado e doutorado, elaboradas a partir das pesquisas realizadas na instituição, integram o acervo bibliográfico do Museu da Inconfidência.

Informatizado pelo sistema Java EE, conta com cinco bases de dados, além de fichários, inventários e listagens. O setor se encarrega da descrição dos documentos, promove a sua preservação e realiza visitas técnicas, além de colaborar com pesquisas históricas.

O Arquivo Histórico está localizado na Casa Setecentista do Pilar, Anexo III do Museu da Inconfidência, à rua do Pilar, 76.  As consultas são realizadas de terça a sexta, das 13h ás 17h, mediante agendamento prévio pelo telefone (31)3551-1378, com no mínimo 24h de antecedência, para verificação da disponibilidade do acervo. O acesso é irrestrito, desde que respeitadas as normas de segurança e preservação do seu patrimônio.